衛斯理（劉德華），一個從事跟蹤、調查神秘事件的男人，是聯合國外星生物分析局的特別成員，處理地球上一切和外星生物有關的事件一次，衛斯理在古董店參觀一塊奇異的藍色人骨時，遇到了少時曾有一面之緣的藍血人--擁有藍色血液的外星人，「她」的名字叫方天涯（關芝琳），外表就和一般美女無異。衛斯理正想留住方天涯，這時附近卻發生了一宗外星生物突襲事件，美國的外星生物調查機構--隸屬FBI的DoubleXUnit小組奉命到場，由隊中精英白素（舒淇）和白奇偉（張耀揚）兄妹領隊。白氏兄妹帶領著X組精銳部隊進入事發大廈，與具有A級戰斗力的外星生物交戰。衛斯理也前來助陣，無奈，不敵強大的對手，身受重傷，而方天涯亦在此時再次現身，以奇異的力量救了衛斯理，殺死了強大的外星怪物。　原來方天涯乃藍血星人「深藍[又稱藍血星]--獵戶星座中最明亮的星體」，六百年前為保護藍血圣經而離開故鄉，在回程時遇上了流星雨，天涯便乘逃生倉來到地球，更和弟弟失散，而藍色的人骨，正是天涯的弟弟tan所有。　衛斯理受傷昏迷期間，被白氏兄妹所救，而白素在照顧衛斯理之時，竟禁不住對衛暗生情愫，但衛斯理的心中記掛的卻是在腦海中留下深刻記憶的方天涯，衛斯理遂借X組的最高負責人威爾遜之力，動用X組中的特異功能人士，以腦電波找尋方天涯的去向，但威爾遜為了在美國國會中得到絕對的權力，竟利用衛斯理找到方天涯，暗中派人把天涯擄走，并進行了一連串不人道的實驗，衛斯理抗議無效，反被軟禁。白氏兄妹看不過眼欲阻止，卻被威爾遜解除武裝，免去職務…….　再此同時，兩名來自藍血星的異類生物Kill（鄭浩南）和Rape（黃佩霞）降落地球，原來本一向和平寧靜的藍血星，被兇殘太空侵略者「獲殼衣毒間」感染，此刻Kill和Rape到來，就是想找到藍血圣經，獲得無窮的力量。Kill和Rape兇殘無比，他們找到了被X組通緝的大騙子郭博士（王晶），郭眼見性命不保，答應帶Kill到X總部找尋方天涯。在小王的領路下，Kill和Rape突然襲擊X總部，將威爾遜和大批X組員殺死，X總部也以自毀爆滅。衛斯理、方天涯和白素逃出。　衛等人回到香港，便和聯合國人員與DoubleX交涉，要他們交出Tan，從而得知Tan在日本，天涯獲悉后，十分開心，并馬上聯絡上Tan，知Tan次日會到香港會面，涯聽后情不自禁吻衛，二人終爆發激情，進行了一次外星異物和地球人靈與欲的徹底溝通--神交……但被白素見到，素傷心不已。　次日，Tan突然出現與天涯相見。Tan叫天涯與Rape，Kill合作，交出藍血圣經便可回故鄉，天涯拒之，Tan用計搶走藍血圣經和天涯，Tan將天涯帶到廢置工廠見Kill和Rape，Tan打算交易……　這時，小女孩過腦電波聯絡天涯，告知衛，天涯深愛著他，衛心如刀割。白素趕到，帶來一批武器，決定和衛一同與外星生物決一死戰，營救天涯和藍血圣經.....eee