故事延續上一集的劇情，機械大軍正在集中全力準備入侵隱藏在地底的人類最后都市錫安，另一方面，錫安的人民相信莫斐斯找到的這個救世主尼歐將會應驗祭師的預言，終止人類與機器之間的戰爭，但是卻沒有人知道，這位救世主正被他自己的夢境所苦bbb。母體發現人類最后的堡壘城市錫安原來藏在接近地球核心的深處，而人類只剩七十二小時能阻止幾千艘狀似烏賊的巡邏艦大舉進攻。他們的唯一希望就是找到一名被稱為關鍵人物的神秘人物，而他則是受到一對耍彈簧刀的大壞蛋雙胞胎看守，這對白子雙胞胎殺手擁有如鬼魂般的隱形能力。肩負維系人類存亡的重要任務，尼歐將會遇到更大的阻撓與挫折，他想象不到的命運選擇也阻擋在他的面前。一切正如先知所說的，你不是來這里做選擇，你早已經作出選擇了，你只是來這里了解自己為何會做出這樣的決定。萬一他選錯了呢？……