第二集中，尼奧（基努·里維斯KeanuReeves飾）沒有能從內(nèi)部摧毀母體，他的身體在真實(shí)世界的飛船上陷于昏迷，思想?yún)s被困在介于母體和真實(shí)世界的中間地帶，這個(gè)地方由火車人控aaa。墨菲斯（勞倫斯·菲什伯恩LaurenceFishburne飾）和崔妮蒂（凱瑞-安·莫斯Carrie-AnneMoss飾）等人知道了尼奧的情況，在守護(hù)天使的帶領(lǐng)下，找到了火車人的控制者梅羅紋奇，經(jīng)過一番激斗，將尼奧救了出來。此時(shí)，電子烏賊部隊(duì)對(duì)錫安發(fā)起了猛烈的攻擊，人類組織所有機(jī)甲戰(zhàn)士展開頑強(qiáng)的抵抗，形勢危在旦夕；尼奧和崔妮蒂駕駛了一艘飛船克服重重困難，到達(dá)機(jī)器城市，尼奧終于見到了機(jī)器世界的統(tǒng)治者機(jī)器大帝，雙方談判并達(dá)成了協(xié)議：尼奧除掉不受母體控制的史密斯，以換取錫安的和平。在母體中，尼奧和史密斯展開了關(guān)系人類生死存亡的最后決斗。